脇宮
左殿（向かって右）：天手力雄命（あめのたぢからおのみこと）
天照皇大神が天の岩屋にお隠れになった時、戸を開いて皇大神を連れ出した大力の神。技芸上達、スポーツ向上などの神様とされます。
右殿（向かって左）：栲機千々姫命（たくはたちぢひめのみこと）
高天原から葦原中国（日本国）に降臨した瓊瓊杵尊（天照皇大神の孫）の母神。織物の神様として信仰される他、安産、子宝などの神徳をもつとされます。
小宮
８０余の小宮が、ご本殿を中心に、前後左右を囲む。皇大神ゆかりの摂社の他、全国一宮など有験の社を集め、八方詣（八方除参り、八方開き参りともいう）などの信仰があります。かつて、節分の夜には裸参りの風習もあり、多くの方が参拝し、一つ一つの小宮にお参りし四方八方の厄を取り除き新しい年（立春）を迎えました。現在でも節分や年末年始など多くの方が八方詣をされます。
黒木の鳥居
正面鳥居は、樹皮のついた丸太のままの木で造る最も素朴で原初的な様式の鳥居で、全国的にも珍しく、これを「黒木の鳥居」といいます。当神社では杉を用いています。
龍灯の杉
樹齢２千年と伝えられるご神木。この巨木の梢に節分の夜、丑三つ時になると龍王が龍宮から天照皇大神に神灯を捧げるという神秘な伝説があります。その灯は、下枝から次第に上枝へと昇ってやがて天に至ると伝えられています。
この杉に隣接して龍神の磐座がお祀りされています。
昭和３７年秋の火災と平成３年秋の台風被害により枯死寸前でしたが、平成６年樹勢回復施術を行うとともに、長寿の遺伝子を持つ小枝を採取、接ぎ木・挿し木で若木を誕生させました。この若木は、親木の傍らに根づき、その命を継承してご神威とともに未来に向け悠遠の時を刻むことでしょう。
表参道と麻呂子杉
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表参道は３００ｍ。２２０段に及ぶ自然石の石段が続いています。左右は深い神秘な森と天を摩する大木。
麻呂子杉は、聖徳太子の御弟麻呂子親王が、丹後国与謝郡河守庄三上嶽に棲む英呉、軽足、土熊という３人の凶賊を追討された時に、当社に詣でて御手植えになったのが３本杉といわれています。樹齢千年以上と伝える古木で参道に聳え立っています。もとは３本杉でしたが、落雷等で枯死し、今は１本となっています。
この麻呂子杉は、京都府の「天上の木」１０選に選定されています。
なお、ご神木にお賽銭を挟む行いは、ご神木を痛めその木の寿命を縮めてしまうことになりかねませんので、おやめください。
御門神社
奇岩窓神（くしいわまどのかみ）・豊岩窓神（とよいわまどのかみ）を祭る。この神様は、天岩戸を守る御門の神で、四方四隅、上下、八方十方からくる悪邪の厄を防ぎ祓い却け、しかも、出入りする者のあやまちを直してしまわれる厄神さんの本宗です。
►カネの鳴る石
御門神社の向かって左にあります。小石で打つとカーンカーンと金属音がします。厄除けを祈りながら打つと厄が祓われます。
また、金運の御利益があるともいわれています。
御若叡（みわかえ）の森の御庭
►さざれ石・君が代碑
昭和天皇御在位６０年を記念してこの御庭ができました。君が代の歌の中にある「さざれ石」という珍しい巖が奉飾されています。
►御製碑
昭和天皇の自然環境保護におよせになる御心を詠まれた御製を謹刻したもの。篤志家により、平成８年天皇御誕生日の佳節に、太古の森が保全されているこの御庭に奉飾されました。
さざれ石の由来
「君が代」の歌に唱われた「さざれ石」は、石灰岩質であり、成長する奇岩です。大小の石を凝集して巨岩をつくっていきます。そのめでたさを托した名歌が少なくありません。「君が代」の歌はもと、惟喬親王にささげた「わが君は」の歌を元歌としてできたといわれており、『古今和歌集』（延喜5年）に収められています。このさざれ石は、岐阜県揖斐の山中から産出したものです。
ヘソ塚と和泉式部の歌塚
ヘソ塚は、昔へその緒をおさめ、長寿と健康を祈りました。塚の上には椎の大木が聳えています。式部の夫は丹後守。娘は小式部といい、「大江山いく野の道の遠ければ、まだふみも見ず天の橋立」というあの有名な歌を詠みました。